「남녀고용평등법」은 고용노동부장관의 직장 내 성희롱 관련 분쟁 처리에 관하여 제29조의4(시정명령 이행상황의 제출요구 등), 제29조의5(고용노동부장관의 차별적 처우 시정 요구 등), 제29조의6(확정된 시정명령의 효력 확대), 제30조(입증책임)에서 규정하고 있다.
고용노동부장관의 사건처리는 고용노동부의 지방 조직(6개의 지방고용노동청, 40개 지방고용노동지청, 2개의 출장소)과 소속 근로감독관에 의해 수행된다.

1. 사업주에게 시정명령 이행상황의 제출 요구

고용노동부장관은 확정된 시정명령에 대하여 사업주에게 이행상황을 제출할 것을 요구할 수 있다(제29조의4 제1항).
사업주가 법 제29조의4제1항(법 제29조의5제4항 및 제29조의6제3항에 따라 준용되는 경우를 포함한다)을 위반하여 정당한 이유 없이 고용노동부장관의 시정명령에 대한 이행상황의 제출요구에 따르지 않은 경우에는 500만 원 이하의 과태료를 부과 받는다(제39조제3항제9호). 그런데 시행령의 [과태료 부과기준]은 1차 위반(200만 원), 2차 위반(400만 원), 3차 이상 위반(500만 원)과 같이 차등적으로 과태료 금액을 정하고 있다(제29조의4제2항).

2. 사업주에게 시정 요구와 그 불응에 관한 노동위원회에의 통보

(1) 사업주에게 차별적 처우의 시정요구
고용노동부장관은 사업주가 차별적 처우를 한 경우에는 그 시정을 요구할 수 있다(제29조의5제1항).

(2) 사업주의 블응시 노동위원회에게 통보
고용노동부장관은 사업주가 제1항에 따른 시정요구에 따르지 아니할 경우에는 차별적 처우의 내용을 구체적으로 명시하여 노동위원회에 통보하여야 한다. 이 경우 고용노동부장관은 해당 사업주 및 근로자에게 그 사실을 알려야 한다(제29조의5제2항).

(3) 노동위원회의 심리와 처리
① 노동위원회는 제2항에 따라 고용노동부장관의 통보를 받은 때에는 지체 없이 차별적 처우가 있는지 여부를 심리하여야 한다. 이 경우 노동위원회는 해당 사업주 및 근로자에게 의견을 진술할 수 있는 기회를 주어야 한다(제29조의5제3항).
② 제3항에 따른 노동위원회의 심리, 시정절차 및 노동위원회 결정에 대한 효력 등에 관하여는 제26조부터 제29조까지 및 제29조의2부터 제29조의4까지를 준용한다. 이 경우 “시정신청을 한 날”은 “통보를 받은 날”로, “기각결정”은 “차별적 처우가 없다는 결정”으로, “관계 당사자”는 “해당 사업주 또는 근로자”로, “시정신청을 한 근로자”는 “해당 근로자”로 본다(제29조의5제4항).

3. 사업주의 시정명령 불이행에 대한 대처

(1) 근로자의 신고 접수
차별적 처우의 시정 신청을 한 근로자는 사업주가 확정된 시정명령을 이행하지 아니하는 경우 이를 고용노동부장관에게 신고할 수 있다(제29조의4제2항).

(2) 확정된 시정명령의 효력 확대
① 고용노동부장관은 제29조의3(제29조의5제4항에 따라 준용되는 경우를 포함한다)에 따라 확정된 시정명령을 이행할 의무가 있는 사업주의 사업 또는 사업장에서 해당 시정명령의 효력이 미치는 근로자 외의 근로자에 대해서도 차별적 처우가 있는지를 조사하여 차별적 처우가 있는 경우에는 그 시정을 요구할 수 있다(제29조의6제1항).
② 고용노동부장관은 사업주가 제1항에 따른 시정요구에 따르지 아니하는 경우 노동위원회에 통보하여야 하고, 노동위원회는 지체 없이 차별적 처우가 있는지 여부를 심리하여야 한다. 제2항에 따른 통보 및 심리에 관하여는 제29조의5제2항부터 제5항까지를 준용한다(제29조의6제2항).