출입국관리행정은 국가의 주권이 행사되는 분야로서 기타 행정과 구별되는 속성이 있다. 헌법재판소는 “출입국관리행정은 내외국인의 출입국과 체류를 적절하게 통제·조정함으로써 국가의 이익과 안전을 도모하는 국가행정이며, 특히 외국인의 입국에 관한 사항은 주권국가로서의 기능을 수행하는 데 필요한 것으로서 광범위한 정책재량의 영역에 놓여 있는 분야라고 할 수 있다. 그러므로 이러한 영역의 공권력행사의 위헌 여부를 판단함에 있어서는 ‘완화된 심사기준’이 적용되어야 한다.”라고 결정한바 있다. 2003헌마87

서울행정법원은 “국가가 자국에 바람직하지 못하다고 판단하는 외국인을 추방할 수 있는 권리는 국제법상 확립된 권리로서 어떠한 외국인을 바람직하지 않다고 판단하여 추방할 것인지에 대하여는 국가가 자유로이 결정할 수 있다고 봄이 상당하다. 외국인의 강제퇴거 여부 등을 결정함에 있어서는 입게 될 당사자의 불이익보다는 국가의 이익과 안전을 도모하여야 하는 공익적 측면이 더욱 강조되어야 할 것이다.”라고 판결하였다. 2009구합44898
또한 서울행정법원은 “외국인의 출입국에 관한 사항은 주권국가로서의 기능을 수행하는 데에 필수적인 사항이라는 점에 비추어 엄격히 관리되어야 한다.”라고 판결하였다. 2011구합21430
따라서 비례원칙 위반 여부를 판단할 때는 출입국관리행정이 국가 주권행사의 일환이고 국가의 안전과 질서를 도모함을 목적으로 하고 있다는 점을 고려하여 재량의 범위 역시 폭넓게 인정할 필요가 있다.
한편, 외국인의 입국허가 및 강제퇴거 조치 등이 국가의 고유한 주권행사에 속한다 할지라도 최근 인권의 국제적 추세에 따라 그 조치가 인도주의에 반하거나 정의 관념에 상치되는 경우에는 재량의 일탈 및 남용의 원리가 적용되어 국제적인 비난과 고립은 물론 국가적 책임을 면할 수 없으므로 신중한 행사가 요구된다.
국가의 고유한 주권행사와 외국인 인권 보호 측면에서 보면 외국인의 입국을 거부하거나 추방할 수 있는 권리는 국가의 고유한 주권행사에 속한다고 하더라도 국제인권법에서 규정하고 있는 인간의 기본적인 권리는 외국인에게도 보장되어야 할 것이다. 출입국외국인업무를 집행하다 보면 국익보호라는 공익과 개인의 인권보장이라는 사익간의 충돌문제가 발생하기 때문에 국가의 주권행사와 외국인의 인권보장 사이에서 합리적인 타협점을 찾아야 할 것이다.
법무부 출입국외국인정책본부는 최근 출입국사범 심사결정 처분에서 재량권 일탈·남용 등의 사유로 패소 사례가 증가함에 따라 출입국사범 담당자들에게 신원불일치자 등 국내 장기체류 외국인에 대한 출입국사범 심사시 법 위반 동기, 고의 및 과실 여부, 국내 가족 관계 및 체류 실태, 국내 생활 기반 여부 등에 대해 충분히 조사한 후 합리적으로 심사결정을 하라고 지시한바 있다.
최근 출입국외국인행정 기능의 복잡화·전문화 추세 및 행정의 대응성 확보 차원에서 일선 출입국관리공무원에게 권한을 위임하는 경우가 늘고 있다. 또한 일선 출입국관리공무원은 국가 주권행사라는 출입국외국인업무의 특수성과 법령과 지침의 세부적인 결정 및 해석을 통해 출입국관리행정 서비스 전달과정에서 상당한 재량권을 행사할 가능성이 높아지고 있다. 이와 같이 출입국관리공무원은 일선 민원현장에서 고객인 민원인들과 직접 접촉하며 업무를 수행하는 과정에서 재량권을 행사하는 상황이 자주 발생하고 있다. 특히 출입국행정서비스를 이용하는 고객은 대부분 낯선 문화와 환경에 살면서 의사소통에 어려움을 겪는 외국인들이다.

출입국관리공무원이 업무를 수행할 때 재량권을 남용하는 것도 문제이지만 권한의 범위 내에서 재량권 행사가 가능함에도 불구하고 감사 지적이나 민원발생시 신분상 불이익 등을 우려하여 이를 의도적으로 회피하거나 소극적으로 행사하는 것도 행정의 대응성과 신뢰성 등 고객지향적인 측면에서 부정적인 영향을 미칠 수 있다. 이에 따라 이들이 재량권을 어떻게 행사하느냐에 따라 고객인 민원인들의 출입국관리행정에 대한 인식과 신뢰에 큰 영향을 미칠 수 있으므로 출입국관리공무원들은 재량권을 법령의 테두리 내에서 적절하게 행사할 필요가 있다. 박길남, “정책집행과정에서 출입국관리공무원의 직무조건이 고객지향성에 미치는 영향 연구”, 서울시립대학교 행정대학원 박사학위 논문, 2018, 148면.