1. 수사기관의 사건처리

(1) 경찰의 사건처리
경찰이 성희롱 사건의 분쟁처리를 하는 경우는 그 사건이 성폭력범죄와 그와 관련된 범죄(명예훼손죄, 무고죄, 모욕죄, 스토킹범죄 등)에 해당되는 경우이다. 성폭력범죄에 있어서 경찰은 「성폭력범죄처벌법」에 따라 수사한다. 경찰청장은 각 경찰서장으로 하여금 성폭력범죄 전담 사법경찰관을 지정하도록 하여 특별한 사정이 없으면 이들로 하여금 피해자를 조사하게 하여야 한다(제26조제2항).

(2) 검찰의 사건처리
검찰이 성희롱 사건의 분쟁처리를 하는 경우는 「남녀고용평등법」에서 사업주가 제14조제6항을 위반하여 직장 내 성희롱 발생 사실을 신고한 근로자 및 피해근로자등에게 불리한 처우를 한 경우와 「성폭력처벌법」에 따른 성폭력범죄와 그와 관련된 범죄에 해당되는 경우이다.
「근로기준법」은 “이 법 또는 그 밖의 노동관계 법령에 따른 현장조사, 서류의 제출, 심문 등의 수사는 검사와 고용노동부 소속의 근로감독관이 전담하여 수행한다.”(제105조)라고 규정하고 있다. 「성폭력처벌법」은 “검찰총장은 각 지방검찰청 검사장으로 하여금 성폭력범죄 전담 검사를 지정하도록 하여 특별한 사정이 없으면 이들로 하여금 피해자를 조사하게 하여야 한다.”(제26조제1항)라고 규정하고 있다.
검찰이 이러한 범죄사건을 수사하고 범죄사실이 있다고 인정되면 법원에 재판을 청구하는 기소를 한다. 범죄사실이 있다고 인정되면 불기소한다. 불기소 처분의 종류에는 기소유예, 혐의 없음, 죄가 안 됨, 공소권 없음, 각하, 공소보류가 있다. 검사는 약식기소도 할 수 있다. 이것은 공판을 열지 않고 서면심리로 재판하여 벌금형에 처해 달라는 뜻의 약식명령을 청구하는 것이다.

2. 법원의 소송사건 처리

「헌법」은 “사법권(司法權)은 법관으로 구성된 법원에 속한다.”(제101조제1항), “법원은 최고법원인 대법원과 각급 법원으로 조직된다.”(제101조제2항)라고 규정하고 있다.
「법원조직법」에 따라 법원은 「헌법」에 특별한 규정이 있는 경우를 제외한 모든 법률상의 쟁송(爭訟)을 심판하고, 이 법과 다른 법률에 따라 법원에 속하는 권한을 가진다(제2조제1항). 법원의 종류에는 7가지( ① 대법원, ② 고등법원, ③ 특허법원, ④ 지방법원, ⑤ 가정법원, ⑥ 행정법원, ⑦ 회생법원)가 있다(제3조제1항). 대법원은 원칙적으로 법원의 법의 해석·적용에 관하여 잘못 여부만을 판단하는 법률심(法律審)을 한다. 상급법원 재판에서의 판단은 해당 사건에 관하여 하급심을 기속(羈束)한다(제8조).

(1) 형사소송 사건의 처리
검찰이 성폭력범죄와 그와 관련된 범죄 사건을 수사하고 범죄사실이 있다고 기소(공소 제기)를 하면, 형사법원에서 형사재판이 열려 기소된 피고인에 대하여 유·무죄를 가리고 유죄가 인정되면 형벌을 부과한다. 「성폭력처벌법」은 “지방법원장 또는 고등법원장은 특별한 사정이 없으면 성폭력범죄 전담재판부를 지정하여 성폭력범죄에 대하여 재판하게 하여야 한다.”(제28조)라고 규정하고 있다.
법원은 공판절차를 거치지 아니하고 원칙적으로 서면심리만으로 피고인에게 벌금·과료를 부과하는 약식명령을 할 수 있다. 법원이 성폭력범죄를 범한 사람에 대하여 유죄판결(선고유예는 제외한다)을 선고하거나 약식명령을 고지하는 경우에는 500시간의 범위에서 재범예방에 필요한 수강명령 또는 성폭력 치료프로그램의 이수명령을 병과하여야 한다(제16조제2항).
한편, 성희롱·성폭력의 혐의자와 행위자가 피해자나 피해를 주장하는 사람, 피해자에 조력하는 사람이나 단체를 대상으로 명예훼손죄, 무고죄로 고소하여 형사재판이 진행되는 경우가 있다.

(2) 민사소송 사건의 처리
성희롱 관련 분쟁에 있어 민사소송은 피해자가 성희롱이란 불법행위로 입은 정신적 고통이나 치료비 부담 등의 손해에 대한 배상을 행위자에게 청구하는 경우와 사업주, 학교 법인, 총장, 대한민국에게 행위자의 사용자 또는 관리감독자로서 행위자와 공동불법행위의 손해배상을 청구하는 경우에 제기된다. 또한 피해자가 행위자와 관계자에 대하여 명예를 훼손당한 것에 대한 손해배상을 청구하는 소송도 있다.
한편, 성희롱 행위자가 사업주나 대학으로부터 성희롱 행위로 인한 인사 조치를 받고 이에 대하여 무효소송을 제기하거나 지위확인 소송을 제기하여 민사재판이 진행되는 경우도 있다. 또한 민사재판은 성희롱·성폭력의 혐의자와 행위자가 피해자나 피해를 주장하는 사람, 피해자에 조력하는 사람이나 단체를 대상으로 명예훼손에 대한 손해배상을 청구하는 경우에도 진행된다.

(3) 행정소송 사건의 처리
행정법원은 중앙노동위원회, 국가인권위원회가 성희롱 분쟁에 관한 사건처리와 권리구제조치에 불복이 있는 경우와 그 밖의 행정기관의 행정처분에 대하여 제기되는 행정소송을 처리한다.
국립대학이 성희롱 행위자인 교수와 직원을 징계 또는 불이익 처분을 한 경우에 이들은 교원소청심사위원회 또는 소청심사위원회의 심사 절차를 거쳐 행정소송을 제기할 수 있다.