고용노동부장관은 법 제96조제1항제7호에 따라 기금으로부터 ｢국민건강보험법｣ 제13조에 따른 국민건강보험공단(이하 “건강보험공단”이라 한다)에 출연하는 금액을 산정하기 위하여 그 금액의 규모ㆍ산정기준 등에 관하여 필요한 사항을 보건복지부장관과 협의하여 정한다.
[본조신설 2010.9.29]

① 피출연자는 출연금이 제85조의3제1항 각 호의 비용을 충당하기에 부족한 경우에는 고용노동부장관에게 추가 출연을 요청할 수 있다. [개정 2012.11.12]
② 고용노동부장관은 피출연자가 제1항에 따라 요청한 내용을 검토하여 타당성이 인정되는 경우에는 추가로 출연할 수 있다. [개정 2012.11.12]
③ 피출연자는 보험연도 내에 위탁받아 하는 사업(이하 이 항에서 “목적사업”이라 한다)에 사용하고 남은 출연금이 있는 경우에는 이를 고용노동부장관에게 반납하여야 한다. 다만, 고용노동부장관의 승인을 받은 경우에는 다음 연도에 이월하여 목적사업에 사용할 수 있다. [개정 2012.11.12]
[본조신설 2010.9.29]

① 법 제97조제2항제5호에서 “대통령령으로 정하는 사업”이란 다음 각 호의 사업을 말한다. <개정 2008. 7. 29., 2021. 6. 8.>

1. 근로자 후생복지 사업을 위한 융자

2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제4조에 따른 증권의 매입

3. 기금의 증식을 위한 부동산의 취득 및 처분

② 법 제97조제3항에서 “대통령령으로 정하는 수준”이란 「은행법」에 따른 은행으로서 전국을 영업구역으로 하는 은행의 1년 만기 정기예금 이자율을 고려하여 고용노동부장관이 정하는 수익률을 말한다. 이 경우 고용노동부장관은 기획재정부장관과 협의하여 제1항에 따른 근로자 후생복지 사업을 위한 융자의 이자율을 다른 사업의 수익률과 달리 정할 수 있다. <개정 2010. 7. 12., 2010. 11. 15.>

고용노동부장관은 한국은행에 기금계정을 설치하여야 한다. [개정 2010.7.12]

① 공단은 징수한 보험료와 그 밖의 징수금을 기금계정에 납입하여야 한다.
② 공단은 징수한 전월분의 보험료와 그 밖의 징수금, 미수금 등의 징수 현황을 매월 말일까지 고용노동부장관에게 문서로 보고하여야 한다. [개정 2010.7.12]

법 제98조에 따른 기금운용계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.
1. 기금의 수입 및 지출에 관한 사항
2. 해당 연도의 사업계획, 지출원인행위계획 및 자금계획에 관한 사항
3. 전년도 이월자금의 처리에 관한 사항
4. 책임준비금에 관한 사항
5. 그 밖에 기금 운용에 필요한 사항

① 고용노동부장관은 법 제99조제3항에 따라 매년 12월 31일을 기준으로 전년도 1월 1일부터 12월 31일까지 지급 결정한 보험급여의 총액을 다음 연도의 책임준비금으로 산정하여야 한다.
② 고용노동부장관은 제1항에 따라 산정된 책임준비금을 초과한 적립금 보유액이 있는 경우에는 장래의 보험급여 지급에 사용하기 위하여 적립하여야 한다.
③ 고용노동부장관은 징수한 보험료의 총액과 지급한 보험급여의 총액을 3년마다 분석하여 수입과 지출의 균형을 유지하도록 노력하여야 한다.
[전문개정 2012.4.16]

① 고용노동부장관은 기금의 수입과 지출에 관한 사무를 수행하기 위하여 소속 공무원 중에서 기금수입징수관ㆍ기금재무관ㆍ기금지출관 및 기금출납공무원을 임명하여야 한다. <개정 2010. 7. 12.>

② 공단 또는 안전보건공단의 이사장은 법 제97조제5항에 따라 기금의 관리ㆍ운용에 관한 업무를 위탁받은 경우에는 상임이사 중에서 기금수입 담당이사 및 기금지출원인행위 담당이사를, 그 직원 중에서 기금지출 직원 및 기금출납 직원을 각각 임명할 수 있으며, 이를 고용노동부장관에게 보고해야 한다. 이 경우 기금수입 담당이사는 기금수입징수관의 직무를, 기금지출원인행위 담당이사는 기금재무관의 직무를, 기금지출 직원은 기금지출관의 직무를, 기금출납 직원은 기금출납공무원의 직무를 각각 수행한다. <개정 2009. 1. 14., 2010. 7. 12., 2021. 6. 8.>

③ 고용노동부장관은 제1항 및 제2항에 따른 기금수입징수관, 기금재무관, 기금지출관, 기금출납공무원, 기금수입 담당이사, 기금지출원인행위 담당이사, 기금지출 직원 및 기금출납 직원의 임명사항을 감사원장 및 한국은행총재에게 각각 알려야 한다. <개정 2010. 7. 12.>

① 고용노동부장관은 기금재무관에게 기금의 월별 지출 한도액을 배정하고 이를 기금지출관에게 알려야 한다. [개정 2010.7.12]
② 기금재무관은 제1항에 따라 배정된 한도액의 범위에서 지출원인행위를 하여야 한다.

① 기금재무관이 기금지출관에게 기금을 지출하게 할 때에는 지출원인행위 관계 서류를 기금지출관에게 보내야 한다.
② 기금지출관은 기금재무관의 지출원인행위에 따라 기금을 지출하려면 한국은행, ｢은행법｣에 따른 금융기관 또는 체신관서를 지급인으로 하는 수표를 발행하여야 한다.
③ 기금재무관이 지출원인행위를 한 후 불가피한 사유로 그 회계연도 내에 지출하지 못한 금액은 다음 연도에 이월하여 집행할 수 있다.

기금지출관과 기금출납공무원은 현금을 보관하거나 출납할 수 없다. 다만, ｢국고금관리법｣ 제24조에 따른 관서운영경비의 경우에는 현금을 보관하거나 출납할 수 있다.

고용노동부장관은 회계연도마다 「국가회계법」 제14조에 따른 결산보고서를 작성하여 다음 회계연도 2월 말까지 기획재정부장관에게 제출해야 한다. <개정 2010. 7. 12., 2012. 11. 12., 2021. 6. 8.>

1. 기금결산의 상황

2. 재정상태표, 재정운용표, 순자산변동표 등 재무상태표

3. 기금의 운용계획과 실적의 대비표

4. 수입 및 지출계산서

5. 그 밖에 결산의 내용을 명백히 하기 위하여 필요한 서류